Kỳ giông khổng lồ Nhật Bản đang bị đe dọa bởi nạn ô nhiễm, sự mất môi trường sống (trong số những thay đổi khác là sự lắng đọng bùn ở các con sông nơi nó sinh sống), và săn bắt quá mức. Nó được IUCN coi là loài sắp bị đe dọa, và đã được đưa vào Phụ lục I của CITES.[5] Nó có thể được tìm thấy trên các đảo Kyushu, Honshu và Shikoku ở Nhật Bản. Trong quá khứ, chúng đã bị người ta đánh bắt ở các con sông, suối làm thực phẩm, nhưng hiện nay việc săn bắn đã chấm dứt bởi các đạo luật bảo vệ.